อะไรจะเป็นคำอธิบายสำหรับการสังเกตนี้?
- เซลล์สองเซลล์ที่มี genome เดียวกันสามารถสร้างโปรตีนได้ต่างกัน การควบคุมเปลี่ยนแปลงข้อมูลที่ใช้และเวลาในการใช้
- เริ่มต้นด้วยการทำนาย ระบุปริมาณหรือลักษณะที่คุณจะเปรียบเทียบ แล้วตัดสินใจว่าหลักฐานอะไรที่จะแยกแยะคำอธิบายสองแบบได้
สร้างโมเดล
- การแสดงออกของยีนสามารถถูกควบคุมได้ทั้งในระดับ transcription และขั้นตอนถัดไป transcription factor สามารถส่งผลต่อ transcription ผ่านการมีปฏิสัมพันธ์กับ DNA และโปรตีนอื่นๆ Epigenetic modifications สามารถส่งผลต่อการแสดงออกโดยไม่เปลี่ยนลำดับ DNA พื้นฐาน
- ปัจจัยการถอดรหัส: โปรตีนที่มีผลต่อการถอดรหัส; การดัดแปลงทางอณูชีววิทยา: การเปลี่ยนแปลงที่มีผลต่อการแสดงออกโดยไม่เปลี่ยนลำดับดีเอ็นเอ
เลือกหลักฐานที่นำมาทดสอบได้
- แยกแยะการเปลี่ยนแปลง mRNA ที่วัดได้จากการเปลี่ยนแปลงโปรตีนหรือการทำงาน Translation การสลายตัว และการดัดแปลงโปรตีนสามารถเข้ามาแทรกแซงได้ การควบคุมมีความเฉพาะเจาะจงต่อบริบทของเซลล์และสภาพแวดล้อม
- เปรียบเทียบข้อมูลการแสดงออกระหว่างกลุ่มทดลองและกลุ่มควบคุมหลังจากตรวจสอบการปรับมาตรฐานและซ้ำแล้ว ใช้หลักฐานจากการรบกวนที่จัดให้มาเพื่ออภิปรายโมเดลเชิงเหตุและผล แทนที่จะสมมติว่าทุกความสัมพันธ์คือกลไกโดยตรง
เริ่มจากปริมาณที่ทราบแล้ว
- ระบุค่าที่ทราบและหน่วยของมัน เลือกความสัมพันธ์โดยพิจารณาว่าข้อสมมติฐานสอดคล้องกับเคสนี้ แล้วจัดรูปสมการก่อนแทนค่า
- ที่ทราบ: ความอุดมสมบูรณ์ของ transcript ที่ปรับมาตรฐานแล้วคือ 12 ในกลุ่มทดลองและ 3 ในกลุ่มควบคุม Fold change = 12/3 = 4 ความอุดมสมบูรณ์ที่ปรับมาตรฐานเท่ากันไม่จำเป็นต้องหมายความว่าจำนวนเซลล์จริงในตัวอย่างดิบทั้งสองเท่ากัน
ตัวอย่าง:
ความอุดมสมบูรณ์ของ transcript คือ 15 ในกลุ่มทดลองและ 5 ในกลุ่มควบคุม หาค่า fold change ใช้ลำดับขั้นตอนเดียวกัน: ปริมาณที่ทราบ → โมเดล → ความสัมพันธ์ → แทนค่า → หน่วยและการตีความ
ตรวจสอบข้อสรุปและขอบเขต
- การเปลี่ยนแปลง epigenetic ไม่จำเป็นต้องเป็นการกลายพันธุ์ของลำดับ DNA เสมอไป mRNA มากขึ้นไม่ได้การันตีโปรตีนที่มีกิจกรรมมากขึ้นในอัตราส่วนเดียวกัน
- กลับไปที่การสังเกตเดิม อธิบายว่าผลลัพธ์นี้สนับสนุนสิ่งใด มีเงื่อนไขใดบ้าง และเป็นอย่างไรในการทดสอบคำอธิบายอื่นที่ขัดแย้งกัน
เตือน:
ทุกการเปลี่ยนแปลงในการแสดงออกของยีนคือการกลายพันธุ์ ข้ออ้างนี้ผิด: การเปลี่ยนแปลง epigenetic ไม่จำเป็นต้องเป็นการกลายพันธุ์ของลำดับ DNA เสมอไป mRNA มากขึ้นไม่ได้การันตีโปรตีนที่มีกิจกรรมมากขึ้นในอัตราส่วนเดียวกัน
จุดสำคัญ:
Gene expression: ควบคุมผลิตภัณฑ์ ไม่ใช่แค่ยีน: แยกแยะการเปลี่ยนแปลง mRNA ที่วัดได้จากการเปลี่ยนแปลงโปรตีนหรือการทำงาน Translation การสลายตัว และการดัดแปลงโปรตีนสามารถเข้ามาแทรกแซงได้ การควบคุมมีความเฉพาะเจาะจงต่อบริบทของเซลล์และสภาพแวดล้อม