多様性、分類、および分岐モデル
導入済み| English | 意味 |
|---|---|
| taxon/ˈtæksn/ | 分類群 |
| clade/kleɪd/ | 系統群 |
この観察を説明する要因は何か？
- 2つの種は外見が似ていますが、DNA比較では異なる枝に分類されます。分類は外見だけでなく、複数の種類の証拠を用います。
- まず予測を立てる。比較したい量や特徴を明記し、2つの説明を区別できる証拠は何かを決定せよ。
モデルを構築する
- 種は生物学的なグループ付けであり、分類群（タクソン） は名付けられた分類グループです。 cladogram（系統樹）は、共通由来特性または分子証拠に基づく関係性の仮説を表します。分岐点は、現在生きている個体ではなく、共通祖先を示します。
- 分類群（taxon）：分類体系に名が付けられたグループ；クラスド（clade）：共通祖先と、その全後裔を含むグループ。
節周りに枝が回転しても何が変わらないか？
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ノードで枝を回転させることは描画順序を変えるのみであり、分岐パターン（どのグループがどのような祖先を共有するか）は変わりません。ページの端の順序は進行や時間の流れを示す序列ではありません。
各専門用語を正確な意味と対応させよ。
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関連する物理量やプロセスを区別するために定義を使用せよ。
これを検証できる証拠を選ぶ
- 分岐順序から関係を読み取る。節における枝の回転は系統樹の系統関係を変えない。枝の長さは、図にスケールが示されている場合にのみ、時間や変化を表す。
- 系統樹を描く前に形質状態を行列に記録する。適切な比較を用いてどの状態が祖先であるかを定義する。新しい分子データセットが同じ分類群を支持するかを検証する。
この場合、調査やモデルをより妥当にする2つの習慣は何か。
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条件や仮定を明記することで他者が正確に再現でき、根拠となる証拠を記録することで結論を検証できます。相反する結果を隠すと、誤った結論を疑う証拠を失いますし、単一の測定でより広い主張を成立させることはできません。
既知の量から始める
- 既知の値と単位を明記する。このケースに適応する仮定を持つ関係式を選び、代入前に変形する。
- 既知：アライメントには 40 の塩基位置があり、そのうち 6 に違いがある。違いの割合 = 6/40 = 0.15、または 15%。これは観測された比較であり、rate（置換率）の仮定や補正が提供されない限り、キャリブレーションされた分子時計ではない。
8 の50 整列部位に違いがある。不一致率（パーセンテージディファレンス）を計算する。同じ手順を用いる：既定量 → モデル → 関係式 → 代入 → 単位と解釈。
8 の 50 配列された位置に差異がある。差異率を計算せよ。
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結果は 16 % です。既知：8 の ⟨⟩50 対照サイトでの違い。違い率 = 違い数 / サイト数 x 100 を用います。違い率 = 8/50 x 100 = 16%。この観察されたパーセンテージは、速度の仮定なしには分子時計による推計ではありません。
結論とその限界を確認する
- 現代の種は自動的に他の現代種の祖先とはならない。収束進化による類似性は、単一の形質に基づく分類を誤らせることがある。
- 元の観察に戻り、結果が何を裏付けているか、どのような条件を前提としているかを説明し、対立する説明を検証する方法を一つ示す。
すべての系統樹の分岐長は経過時間の測定値である。この主張は誤りである：分岐長が時間を表すのは、時間または変化スケールを明示的に描いた樹形図に限られる。多くの系統樹は関係性のみを符号化しており、分岐長は任意である。
多様性、分類および分岐モデル：分岐順序から関係を読み取る。節における枝の回転は系統樹の系統関係を変えない。枝の長さは、図にスケールが示されている場合にのみ、時間や変化を表す。
すべてのクラドグラムの枝長は経過時間の測定値である
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枝の長さが時間を意味するのは、時間または変化スケールが明示的に描かれた木に限られます。多くのクラドグラムは関係性のみを符号化しており、長さは任意です。
分類学で名付けられたグループ：専門用語を記せ。
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分類群とは、分類体系で名付けられたグループを意味する。